De kenmerken van enzymen die voorkomen dat pepsine en trypsine hetzelfde voedsel verteren, zijn afhankelijk van het volgende:

Optimale pH: Pepsine en trypsine hebben verschillende optimale pH-bereiken voor hun katalytische activiteit. Pepsine werkt het beste in zure omstandigheden, met een optimale pH van ongeveer 1,5-2,0, die in de maag wordt aangetroffen. Trypsine daarentegen functioneert optimaal in een licht alkalisch milieu, met een optimale pH van ongeveer 7,5-8,0, wat kenmerkend is voor de dunne darm.

Temperatuur: Pepsine en trypsine hebben ook verschillende temperatuurbereiken waarbinnen ze maximale activiteit vertonen. Pepsine is het meest actief bij lichaamstemperatuur (rond de 37 graden Celsius), de temperatuur in de maag. Trypsine is echter het meest actief bij iets hogere temperaturen, rond de 40-45 graden Celsius, wat overeenkomt met de temperatuur in de dunne darm.

Substraatspecificiteit: Pepsine en trypsine hebben verschillende substraatspecificiteiten, wat betekent dat ze bij voorkeur verschillende soorten eiwitten verteren. Pepsine is voornamelijk betrokken bij de initiële afbraak van eiwitten in de maag en heeft een voorkeur voor het splitsen van peptidebindingen waarbij aromatische aminozuren betrokken zijn, zoals fenylalanine, tyrosine en tryptofaan. Trypsine daarentegen werkt verder tijdens het spijsverteringsproces in de dunne darm en heeft een specificiteit voor het splitsen van peptidebindingen waarbij basische aminozuren betrokken zijn, zoals lysine en arginine.

Deze verschillen in optimale pH, temperatuur en substraatspecificiteit zorgen ervoor dat pepsine en trypsine tijdens het spijsverteringsproces sequentieel en selectief op eiwitten inwerken. Pepsine start de vertering van eiwitten in de zure omgeving van de maag, waardoor ze worden afgebroken tot kleinere peptidefragmenten. Naarmate de maaginhoud de dunne darm binnendringt, wordt de pH alkalischer en wordt trypsine actief. Trypsine breekt de peptidefragmenten die worden gegenereerd door pepsine en andere spijsverteringsenzymen verder af, wat uiteindelijk leidt tot de opname van aminozuren in de bloedbaan.