Een spijsverteringszak die geen verband houdt met andere endomembraanstructuren wordt een lysosoom genoemd. Lysosomen zijn kleine organellen die worden aangetroffen in het cytoplasma van dierlijke cellen. Het zijn membraangebonden blaasjes die hydrolytische enzymen bevatten die verschillende biomoleculen kunnen afbreken, waaronder eiwitten, koolhydraten, lipiden en nucleïnezuren. Lysosomen functioneren bij de intracellulaire vertering, afvalverwerking en recycling van cellulaire componenten. Ze spelen een cruciale rol bij het handhaven van cellulaire homeostase en het verwijderen van beschadigd of onnodig cellulair materiaal. In tegenstelling tot andere endomembraanstructuren die betrokken zijn bij de synthese, modificatie en transport van moleculen, zijn lysosomen gespecialiseerd in intracellulaire vertering en recycling.