De term voor vergisting bij afwezigheid van zuurstof is anaerobe vergisting. Dit proces vindt plaats bij bepaalde micro-organismen, zoals bacteriën en archaea, die organisch materiaal kunnen afbreken zonder de aanwezigheid van zuurstof. Anaerobe vergisting wordt vaak gebruikt in afvalwaterzuiveringsinstallaties en biogasproductiefaciliteiten om organisch afval om te zetten in biogas, een mengsel van methaan en kooldioxide, dat kan worden gebruikt als hernieuwbare energiebron.