De pepsine die de dunne darm binnendringt, wordt geïnactiveerd door de alkalische pH van de dunne darm. Pepsine is een zure protease die optimaal functioneert in de zure omgeving van de maag. Wanneer het de dunne darm binnendringt, die een pH van ongeveer 8 heeft, verliest het zijn activiteit en is het niet langer in staat eiwitten af ​​te breken. De alvleesklier scheidt ook bicarbonaationen af ​​in de dunne darm, wat verder helpt om de zure maagbrij te neutraliseren en een omgeving te creëren die geschikter is voor de andere spijsverteringsenzymen, zoals pancreasproteasen en lipasen.