Chemische vertering, de afbraak van voedsel door enzymen, begint in de mondholte met de werking van speekselamylase op zetmeel. Zodra het voedsel de maag bereikt, komt het in aanraking met maagsap, dat zoutzuur en het enzym pepsine bevat. Het zoutzuur creëert een zure omgeving die micro-organismen doodt en eiwitten denatureert, waardoor ze gevoeliger worden voor enzymatische afbraak. Pepsine, een asparaginezuurprotease, initieert de eiwitvertering door eiwitten af ​​te breken tot kleinere peptiden.