Pilonidale cysten hebben een hoog recidiefpercentage na chirurgische verwijdering, waarbij de gerapporteerde recidiefpercentages sterk variëren in de medische literatuur, maar over het algemeen variëren van 10% tot 30%. Bepaalde factoren, zoals onvolledige verwijdering van het hele kanaal of de sinus, de diepe of complexe aard van de cyste, slechte wondgenezing, infectie, zwaarlijvigheid of overmatig haar in het getroffen gebied kunnen het risico op herhaling vergroten.