De behandeling voor chlamydia is hetzelfde, ongeacht de locatie van de infectie. Chlamydia kan de baarmoederhals, urethra, rectum en keel infecteren. De aanbevolen behandeling voor chlamydia is een enkele dosis van het antibioticum azitromycine of doxycycline gedurende zeven dagen. Deze behandeling is effectief bij het genezen van chlamydia op alle infectieplaatsen, inclusief de keel.