Het deel van de hersenen dat door epilepsie wordt getroffen, hangt af van het type aanval en de onderliggende oorzaak. Over het algemeen worden aanvallen veroorzaakt door abnormale elektrische activiteit in de hersenen. Deze activiteit kan in elk deel van de hersenen voorkomen, maar begint meestal in de temporale kwabben, die zich aan de zijkanten van de hersenen bevinden. Bij temporaalkwabepilepsie kunnen de aanvallen een verscheidenheid aan symptomen veroorzaken, waaronder veranderingen in stemming, gedrag en geheugen. Andere delen van de hersenen die door epilepsie kunnen worden aangetast, zijn onder meer de frontale kwabben, de pariëtale kwabben en de occipitale kwabben. Aanvallen die in de frontale kwabben beginnen, kunnen veranderingen in de persoonlijkheid, het gedrag en de beweging veroorzaken. Aanvallen die beginnen in de pariëtale kwabben kunnen problemen veroorzaken met taal, ruimtelijk inzicht en aandacht. Aanvallen die beginnen in de achterhoofdskwabben kunnen visuele stoornissen veroorzaken.