De hersengebieden die het vaakst worden getroffen door autisme en het Asperger-syndroom zijn:

- De frontale kwab, die betrokken is bij besluitvorming en sociaal gedrag.

- De amygdala, die betrokken is bij emotionele verwerking en angstreactie.

- De hippocampus, die betrokken is bij geheugen en ruimtelijke navigatie.

- Het cerebellum, dat betrokken is bij motorische controle en coördinatie.

- De basale ganglia, die betrokken zijn bij motorische controle en leren.

- Het corpus callosum, dat de linker- en rechterhersenhelft met elkaar verbindt.