Hoewel het ruggenmerg tot op zekere hoogte zonder de hersenen kan functioneren, kan het niet volledig onafhankelijk van de hersenen functioneren. De hersenen zijn verantwoordelijk voor het verwerken en interpreteren van signalen die worden ontvangen van het ruggenmerg en het verzenden van motorische commando's om bewegingen te controleren. Zonder de hersenen zou het ruggenmerg niet in staat zijn complexe taken uit te voeren, zoals het coördineren van vrijwillige bewegingen, het verwerken van sensorische informatie en het reguleren van reflexen.

Het ruggenmerg bezit echter wel een zekere mate van autonomie, ook wel spinale reflexen genoemd. Dit zijn onwillekeurige, snelle reacties op stimuli die plaatsvinden op het niveau van het ruggenmerg, zonder dat daarvoor bewuste gedachten of verwerking door de hersenen nodig zijn. Voorbeelden van wervelkolomreflexen zijn de reflex van de reflex en de terugtrekkingsreflex, waarbij het been van een persoon automatisch wegrukt van een pijnlijke prikkel. Deze reflexen zijn essentieel voor het beschermen van het lichaam tegen schade en het behouden van fundamentele motorische functies.

Bovendien is het ruggenmerg verantwoordelijk voor het overbrengen van sensorische informatie van het lichaam naar de hersenen en motorische commando's van de hersenen naar de spieren. Dit maakt de coördinatie van bewegingen en sensorische verwerking mogelijk, hoewel de verwerking van complexe sensorische informatie en besluitvorming de betrokkenheid van de hersenen zou vereisen.

Hoewel het ruggenmerg bepaalde reflexen kan uitvoeren en signalen kan doorgeven, vertrouwt het in het algemeen op de hersenen voor functies op een hoger niveau en de algehele controle over de bewegingen en sensaties van het lichaam.