Huisvliegen kunnen dragers zijn van ziekten zoals tyfus, cholera, dysenterie en tuberculose. Ze kunnen ook myiasis veroorzaken, een aandoening waarbij vliegenlarven de levende weefsels van mensen en dieren besmetten. Huisvliegen kunnen ook hinderlijk zijn, omdat ze voedsel en dranken kunnen besmetten en mensen en dieren kunnen bijten.