Anaerobe ademhaling zorgt er weliswaar voor dat organismen kunnen overleven in zuurstofarme omgevingen, maar brengt bepaalde nadelen met zich mee:

Accumulatie van bijproducten :Tijdens anaerobe ademhaling leidt de onvolledige afbraak van glucose tot de ophoping van afvalproducten zoals melkzuur (in de spieren tijdens intensieve inspanning) of ethanol (in gist tijdens de fermentatie). Deze bijproducten kunnen de cellulaire functie negatief beïnvloeden en vereisen mogelijk extra energie voor de verwijdering of omzetting ervan.

Lagere energieopbrengst :Vergeleken met aerobe ademhaling produceert anaerobe ademhaling een aanzienlijk lagere hoeveelheid adenosinetrifosfaat (ATP). Dit komt omdat de onvolledige afbraak van glucose minder ATP-moleculen per molecuul glucose genereert vergeleken met de volledige afbraak bij aërobe ademhaling.

Beperkte duur :Anaerobe ademhaling kan een organisme slechts gedurende een beperkte periode in stand houden. De opeenhoping van afvalproducten en de uitputting van energiereserves maken uiteindelijk een terugkeer naar aërobe ademhaling noodzakelijk, anders zal het organisme cellulaire disfunctie en dood ervaren.

Afhankelijkheid van externe elektronenacceptoren :Anaerobe ademhaling vereist de aanwezigheid van externe elektronenacceptoren, zoals sulfaat, nitraat of fumaraat, om de overdracht van elektronen tijdens het proces te vergemakkelijken. Als deze elektronenacceptoren niet beschikbaar zijn of uitgeput zijn, kan er geen anaerobe ademhaling plaatsvinden.