De laatste aflevering van Scrubs is getiteld My Finale." Hier is een overzicht van wat er gebeurt:

JD (Zach Braff) en Turk (Donald Faison) krijgen allebei een baan aangeboden in verschillende ziekenhuizen. JD krijgt een baan aangeboden als hoogleraar geneeskunde, terwijl Turk een baan krijgt aangeboden als hoofd chirurgie.

Turk en zijn vrouw Carla (Judy Reyes) worstelen met de beslissing om wel of niet te verhuizen. Carla aarzelt om haar vrienden en familie in hun geboorteplaats achter te laten, maar uiteindelijk stemt ze ermee in om met Turk te verhuizen.

JD neemt afscheid van zijn vrienden en collega's in het Sacred Heart Hospital. Hij houdt een oprechte toespraak over zijn tijd in het ziekenhuis en hoeveel hij heeft geleerd van zijn ervaringen daar.

JD verhuist naar New York City en begint aan zijn nieuwe baan als hoogleraar geneeskunde. Hij ontmoet zijn nieuwe collega's, waaronder Dr. Shirley Jackson (Eliza Coupe) en Dr. Cole Aaronson (Dave Franco).

JD en Turk blijven goede vrienden, ook al wonen ze nu in verschillende steden. Ze bezoeken elkaar vaak en houden contact via telefoon en e-mail.

De laatste scène van de aflevering toont JD die door de gangen van het nieuwe ziekenhuis loopt. Hij denkt terug aan zijn tijd bij Sacred Heart en hoeveel hij is gegroeid als persoon en als arts.