De geschiedenis van encefalitis gaat terug tot de oudheid. Er zijn beschrijvingen van op encefalitis lijkende ziekten in de geschriften van Hippocrates (460-377 v.Chr.) en Galenus (129-216 n.Chr.). Het duurde echter tot de 19e eeuw voordat encefalitis werd erkend als een afzonderlijke klinische entiteit. De eerste grote uitbraak van encefalitis vond plaats in de Verenigde Staten in 1918, tijdens de Spaanse grieppandemie. Deze uitbraak werd veroorzaakt door het griepvirus en resulteerde in de dood van meer dan 500.000 mensen. In de jaren die volgden werden over de hele wereld andere uitbraken van encefalitis gemeld, en het werd duidelijk dat encefalitis veroorzaakt kon worden door een verscheidenheid aan verschillende virussen, bacteriën en andere infectieuze agentia.