Patiënten zijn doorgaans verdoofd en reageren niet op pijn tijdens intubatie. Sommige patiënten kunnen tijdens de procedure echter ongemak of een kokhalzend gevoel ervaren, en enkelen kunnen zelfs enig bewustzijn behouden tijdens de intubatie. Bij deze patiënten kan de sonde een licht tot matig oncomfortabel gevoel in de keel en luchtwegen veroorzaken. Om het mogelijke ongemak tot een minimum te beperken, gebruiken medische professionals verschillende technieken en medicijnen om het comfort van de patiënt tijdens en na de intubatie te garanderen.