Bariatrische chirurgie wordt doorgaans niet beschouwd als een behandelingsoptie voor patiënten met de ziekte van Crohn. De belangrijkste doelstellingen bij de behandeling van de ziekte van Crohn zijn het induceren en behouden van remissie, het voorkomen of behandelen van complicaties, het minimaliseren van operaties en het verbeteren van de kwaliteit van leven. Bariatrische chirurgie is in de eerste plaats geïndiceerd voor de behandeling van ernstige obesitas, en niet voor de ziekte van Crohn.