Het weefsel dat wordt geëxtraheerd voor een endometriumbiopsie is het endometrium. Het endometrium is het binnenste slijmvlies van de baarmoeder. Het ondergaat veranderingen tijdens de menstruatiecyclus ter voorbereiding op de mogelijkheid van zwangerschap. Bij een endometriumbiopsie wordt een klein stukje van het endometrium verwijderd voor onderzoek onder een microscoop.