ABPA volgt doorgaans een chronisch, recidiverend beloop met afwisselende perioden van exacerbaties en remissies. De prognose voor patiënten met ABPA is over het algemeen gunstig. De meerderheid van de patiënten reageert goed op behandeling met systemische corticosteroïden en kan een langdurige remissie bereiken. Sommige patiënten kunnen echter terugkerende exacerbaties ervaren of chronische longschade ontwikkelen, wat na verloop van tijd tot een achteruitgang van de longfunctie leidt. In zeldzame gevallen kan ABPA zich ontwikkelen tot longziekte in het eindstadium en respiratoire insufficiëntie, waardoor een longtransplantatie nodig is.