Een verscheidenheid aan micro-organismen kan infecties in de keel veroorzaken, waaronder bacteriën, virussen en schimmels. Enkele van de meest voorkomende micro-organismen die keelinfecties veroorzaken zijn:

Bacteriën:

- Streptococcus pyogenes (keelontsteking)

- Staphylococcus aureus

-Streptococcus pneumoniae

- Haemophilus influenzae

- Mycoplasma pneumoniae

- Chlamydia pneumoniae

- Neisseria gonorroe

Virussen:

- Influenzavirussen (de griep)

- Para-influenzavirussen

- Respiratoir syncytieel virus (RSV)

- Adenovirussen

- Herpes simplex-virus

- Epstein-Barr-virus

- Cytomegalovirus

Schimmels:

- Candida albicans (spruw)

Andere micro-organismen:

- Mycoplasma hominis

- Ureaplasma urealyticum

Het type micro-organisme dat een keelinfectie veroorzaakt, hangt af van factoren zoals de leeftijd van de persoon, de status van het immuunsysteem en de blootstelling aan specifieke ziekteverwekkers. Sommige micro-organismen komen vaker voor in bepaalde geografische gebieden of tijdens specifieke tijden van het jaar.