Er wordt aangenomen dat de oorsprong van kinkhoest oud is, maar de exacte oorsprong ervan is onbekend. Aangenomen wordt dat de soort zich al vóór de eerste eeuw wijd verspreid heeft over Europa en Azië. De vroegste schriftelijke vermelding van kinkhoest is te vinden in een Chinese medische tekst uit de 6e eeuw. Tijdens de 16e eeuw verscheen kinkhoest in Amerika, waarschijnlijk veroorzaakt door Europese ontdekkingsreizigers en kolonisten. De term "kinkhoest" verschijnt voor het eerst in het Engels in 1658, en de bacterie die de ziekte veroorzaakt, *Bordetella pertussis*, werd in 1906 geïdentificeerd door de Franse bacterioloog Jules Bordet en zijn collega Octave Gengou.