De kleur van maagzuur is geen betrouwbare indicator voor de gezondheid of samenstelling ervan. Maagzuur is doorgaans helder of lichtgeel van kleur vanwege de aanwezigheid van zoutzuur, dat kleurloos is. De kleur van maagzuur kan echter variëren afhankelijk van de aanwezigheid van andere stoffen, zoals voedseldeeltjes, gal of bloed, waardoor het groen, bruin of rood kan lijken.