De positie van het lichaam voor een colonoscopie is meestal aan de linkerkant, met de knieën gebogen en opgetrokken naar de borst. Deze positie helpt de dikke darm te openen en maakt het gemakkelijker voor de colonoscoop om ingebracht en verplaatst te worden. De patiënt kan ook worden gevraagd om tijdens de procedure op zijn rug te draaien of op zijn rechterzij te gaan liggen.