Pestdoktoren werden betaald voor hun diensten. Ze waren meestal in dienst van de lokale overheid of van een rijke beschermheer. Het bedrag dat ze kregen, varieerde afhankelijk van de locatie en de ernst van de pestuitbraak. In sommige gevallen kregen pestdokters een vast salaris, terwijl ze in andere gevallen een vergoeding kregen voor elke patiënt die ze zagen. Naast hun salaris of honorarium kregen pestdokters vaak ook andere voordelen, zoals gratis huisvesting, voedsel en kleding.