Autopsierapporten worden door ziekenhuizen doorgaans gedurende een bepaalde periode bewaard, zoals bepaald door hun eigen beleid en toepasselijke wet- en regelgeving. De bewaartermijn kan sterk variëren, afhankelijk van het rechtsgebied en het type ziekenhuis.

Over het algemeen worden autopsierapporten beschouwd als medische dossiers en zijn ze onderworpen aan dezelfde bewaarvereisten als andere medische informatie. Veel ziekenhuizen en gezondheidszorginstellingen volgen de richtlijnen van de American Health Information Management Association (AHIMA) of andere relevante industrienormen bij het bepalen van de bewaartermijnen van gegevens.

Volgens de richtlijnen van AHIMA moeten autopsierapporten minimaal tien jaar na de datum van de autopsie of het overlijden van de patiënt worden bewaard, afhankelijk van welke datum later valt. Sommige rechtsgebieden kunnen andere vereisten hebben, dus het is belangrijk dat ziekenhuizen juridisch advies inwinnen en voldoen aan de lokale regelgeving.

Naast de bewaartermijn kunnen ziekenhuizen ook beleid hebben met betrekking tot de opslag, toegang en vernietiging van autopsierapporten. Autopsierapporten kunnen bijvoorbeeld worden opgeslagen op beveiligde locaties met beperkte toegang om de privacy van de overleden persoon te beschermen. Ziekenhuizen kunnen ook procedures hebben voor het vernietigen of anonimiseren van autopsierapporten nadat de bewaartermijn is verstreken.