Bepaalde onbehandelde seksueel overdraagbare aandoeningen of SOA's kunnen de vruchtbaarheid bij zowel mannen als vrouwen verminderen. SOA verspreid via seksueel contact met een geïnfecteerde partner via orale, anale of vaginale seks. SOA's komen het meest voor bij adolescenten en jonge volwassenen in de leeftijd van 15 tot 24.

Chlamydia en gonorroe zijn de meest voorkomende bacteriële SOA's. "stille" infecties omdat de meerderheid van de mensen met de diagnose chlamydia of gonorroe geen symptomen hebben. Daarom bevelen de Centers for Disease Control and Prevention jaarlijkse chlamydia- en gonorroe-screening aan voor alle seksueel actieve mannen en vrouwen van 25 jaar en jonger. Onbehandelde chlamydia en gonorroe kunnen de vruchtbaarheid van zowel mannen als vrouwen negatief beïnvloeden.

Bij vrouwen kunnen gonorroe en chlamydia cervicitis, ontsteking van de baarmoederhals of urethritis, ontsteking van de urethra veroorzaken. De urethra draineert vloeistof uit de blaas. Als de symptomen aanwezig zijn, kunnen ze een abnormale vaginale afscheiding, vaginale vlekken en dysurie hebben, een branderig gevoel tijdens het plassen. Onbehandeld, 10 tot 15 procent van de Chlamydia-infecties veroorzaakt een infectie van het bovenste gedeelte van het geslachtsorgaan in de baarmoeder of de eileiders.

Een infectie in het bovenste deel van het geslachtsorgaan wordt Pelvic Inflammatory Disease of PID genoemd. PID kan asymptomatisch of symptomatisch zijn. Wanneer symptomen optreden, kunnen ze bekkenpijn, abnormale vaginale afscheiding, vaginale bloedingen, misselijkheid en koorts omvatten. PID is een bijzonder ernstige aandoening omdat het de baarmoeder en de eileiders permanent kan beschadigen.

Wanneer eieren uit de eierstokken worden vrijgegeven, reizen ze door de eileiders voordat ze door sperma worden bevrucht en in de baarmoeder worden geïmplanteerd. Eileiderband littekens veroorzaakt door SOA's kunnen voorkomen dat het ei en sperma elkaar ooit ontmoeten, waardoor bevruchting wordt belemmerd. De littekens verhogen ook het risico op een buitenbaarmoederlijke zwangerschap, een zwangerschap in de eileiders. Een buitenbaarmoederlijke zwangerschap kan het gevolg zijn als de littekens in de eileider voorkomen dat een bevruchte eicel de baarmoeder binnendringt. Een buitenbaarmoederlijke zwangerschap is mogelijk levensbedreigend omdat het de eileider kan scheuren. Zonder een spoedoperatie zal een vrouw snel sterven aan inwendige bloedingen.

Gonorroe en chlamydia veroorzaken ook urethritis bij mannen, van wie de meerderheid ook geen symptomen vertoont. Wanneer symptomen optreden, kunnen deze dysurie, pijn of roodheid rondom de opening van de penis of spontane penisafscheiding omvatten. Onbehandeld, kan de infectie het genitale kanaal verspreiden en epididymitis veroorzaken, wat een ontsteking van de epididymis is. De epididymis is een structuur die via kanalen met de teelballen is verbonden. Sperma gemaakt in de teelballen reist naar de epididymis waar ze volwassen worden.

Acute epididymitis veroorzaakt roodheid, warmte en zwelling van het scrotum en de testikels, meestal aan één kant. Recidiverende of onbehandelde infecties kunnen chronische epididymitis veroorzaken, wat kan leiden tot onvruchtbaarheid door de beweeglijkheid, functie en het aantal zaadcellen van sperma te beschadigen.