Macrofagen scheiden een verscheidenheid aan chemicaliën af, waaronder:

- Cytokines:Dit zijn kleine eiwitten die de immuunrespons reguleren. Enkele van de cytokinen die macrofagen afscheiden, zijn onder meer interleukine-1 (IL-1), interleukine-6 ​​(IL-6) en tumornecrosefactor-alfa (TNF-alfa).

- Chemokines:dit zijn kleine eiwitten die andere immuuncellen naar de plaats van infectie of letsel lokken. Sommige van de chemokinen die macrofagen afscheiden omvatten monocyt chemotactisch eiwit-1 (MCP-1) en macrofaag inflammatoir eiwit-1 alfa (MIP-1alpha).

- Reactieve zuurstofsoorten (ROS):Dit zijn moleculen die zuurstof bevatten en zeer reactief zijn. ROS kan bacteriën en andere micro-organismen doden, maar ze kunnen ook gastheerweefsel beschadigen. Enkele van de ROS die macrofagen afscheiden, zijn onder meer waterstofperoxide (H2O2), superoxide (O2-) en hydroxylradicaal (OH-).

- Reactieve stikstofsoorten (RNS):Dit zijn moleculen die stikstof bevatten en zeer reactief zijn. RNS kan bacteriën en andere micro-organismen doden, maar ze kunnen ook gastheerweefsel beschadigen. Enkele van de RNS die macrofagen afscheiden omvatten stikstofmonoxide (NO) en peroxynitriet (ONOO-).

- Enzymen:Macrofagen scheiden een verscheidenheid aan enzymen af, waaronder proteasen, lipasen en glycosidasen. Deze enzymen helpen macrofagen bij het afbreken en verteren van vreemd materiaal.

- Groeifactoren:Dit zijn eiwitten die de groei en differentiatie van andere cellen stimuleren. Enkele van de groeifactoren die macrofagen afscheiden, zijn onder meer van bloedplaatjes afgeleide groeifactor (PDGF) en transformerende groeifactor-bèta (TGF-bèta).