Escherichia coli (E. coli) kan worden geclassificeerd als facultatief anaëroob. Dit betekent dat E. coli weliswaar kan overleven in aanwezigheid van zuurstof (aerobe omstandigheden), maar ook kan overleven in afwezigheid van zuurstof (anaerobe omstandigheden). Onder aerobe omstandigheden voert E. coli cellulaire ademhaling uit, een proces waarbij zuurstof wordt gebruikt om organische verbindingen af ​​te breken en energie te genereren. Als er geen zuurstof aanwezig is, kan E. coli overgaan op fermentatie, een proces waarbij organische verbindingen worden afgebroken zonder zuurstof te gebruiken, waardoor energie wordt gegenereerd in de vorm van ATP. Als facultatief anaëroob kan E. coli zich aanpassen aan verschillende omgevingen en gebruik maken van de meest efficiënte energieproducerende route die beschikbaar is.