Guanidine is geen algemeen voorgeschreven medicijn. Het wordt in beperkte mate gebruikt bij de behandeling van myasthenia gravis, een zeldzame neuromusculaire aandoening die wordt gekenmerkt door spierzwakte.
In een dergelijk geval werd guanidinehydrochloride vroeger geprobeerd bij myasthenia gravis, maar is het vervangen door andere, effectievere therapieën (bijvoorbeeld:Mestinon).