Benzalkoniumchloride is een quaternaire ammoniumverbinding, wat betekent dat het een stikstofatoom heeft waaraan vier alkylgroepen zijn gebonden. Het is een kationische oppervlakteactieve stof, wat betekent dat het een positieve lading heeft. Benzalkoniumchloride is een zwakke base, met een pKa van ongeveer 12. Dit betekent dat het een proton kan doneren aan een sterkere base, maar geen proton van een zwakker zuur kan accepteren.