Ziektekiemen of micro-organismen vormen geen eenheid en zijn er in verschillende soorten en maten. Ze hebben geen specifieke kleur, maar kunnen er onder bepaalde omstandigheden anders uitzien. Sommige bacteriën kunnen bijvoorbeeld pigmenten produceren die resulteren in koloniekleuring wanneer ze in een laboratorium worden gekweekt. De kleur van deze kolonies kan variëren van wit tot geel, oranje, roze of zelfs zwart, afhankelijk van de specifieke bacteriesoort.

Onder een microscoop kunnen micro-organismen worden gekleurd met kleurstoffen om hun zichtbaarheid te vergroten en hun structuur te bestuderen. Verschillende soorten vlekken kunnen zich binden aan specifieke componenten van de micro-organismen, waardoor deze zichtbaar worden onder de microscoop. Gramkleuring is bijvoorbeeld een veelgebruikte techniek die Gram-positieve bacteriën (die paars lijken) te onderscheiden van Gram-negatieve bacteriën (die rood lijken).

Het is echter essentieel om op te merken dat het toekennen van één kleur aan alle ziektekiemen niet wetenschappelijk accuraat is, omdat ze een breed scala aan micro-organismen omvatten, waaronder bacteriën, schimmels, virussen, protozoa en meer. De kleur van deze organismen kan sterk variëren, afhankelijk van hun soort en kenmerken.