Met welke chemische stof de anaerobe ademhaling begint, hangt af van het specifieke organisme en het type anaerobe ademhaling dat plaatsvindt. Hier zijn enkele veel voorkomende startchemicaliën voor verschillende anaërobe ademhalingsroutes:

1. Glucose :In veel organismen begint anaërobe ademhaling met de afbraak van glucose, een suiker met zes koolstofatomen. Glucose wordt afgebroken door een reeks enzymatische reacties om energie te produceren in afwezigheid van zuurstof.

2. Andere suikers :Sommige organismen kunnen ook andere suikers gebruiken als uitgangsstof voor anaerobe ademhaling, zoals fructose, sucrose of lactose.

3. Organische zuren :Bepaalde bacteriën en archaea kunnen anaerobe ademhaling uitvoeren met organische zuren als hun primaire substraat. Veelgebruikte organische zuren zijn onder meer lactaat, pyruvaat of succinaat.

4. Aminozuren :Sommige micro-organismen kunnen aminozuren gebruiken als uitgangsstoffen voor anaerobe ademhaling. De aminozuren worden gedeamineerd om ammoniak en organische zuren te produceren, die vervolgens verder kunnen worden gemetaboliseerd.

5. Alcoholen :Alcoholen kunnen ook dienen als elektronendonor bij anaërobe ademhaling. Vooral ethanol (ethylalcohol) wordt gewoonlijk gefermenteerd door gist en bacteriën.

Het is vermeldenswaard dat dit slechts een paar voorbeelden zijn, en dat er diverse variaties zijn in de anaërobe ademhalingsroutes tussen verschillende micro-organismen.