Hersenabcessen worden meestal veroorzaakt door de verspreiding van bacteriën of andere micro -organismen van een ander lichaamsdeel, zoals de sinussen of oren, naar de hersenen. Gomaandoeningen (parodontitis) is meestal geen oorzaak van hersenabcessen. Er kan echter ernstige tandvleesaandoeningen leiden tot andere gezondheidsproblemen, zoals hart- en vaatziekten en beroertes, die het risico op het ontwikkelen van een hersenabces kunnen vergroten.