Hoewel guttapercha nog steeds in sommige toepassingen wordt gebruikt, heeft het een aantal nadelen vergeleken met modernere endodontische materialen:

- Beperkte biocompatibiliteit: Guttapercha is niet zo biocompatibel als sommige andere endodontische materialen, zoals op hars gebaseerde sealers. Dit kan in sommige gevallen leiden tot ontstekingen en weefselschade.

- Broosheid: Guttapercha is bros en kan onder spanning breken. Dit kan het plaatsen en verwijderen lastig maken, vooral bij complexe wortelkanaalanatomieën.

- Oplosbaarheid: Guttapercha is oplosbaar in organische oplosmiddelen, zoals chloroform en alcohol. Dit kan het moeilijk maken om tandheelkundige instrumenten die met guttapercha zijn gebruikt, schoon te maken en te steriliseren.

- Dimensionele instabiliteit: Guttapercha kan krimpen of uitzetten bij veranderingen in temperatuur en vochtigheid. Dit kan leiden tot openingen tussen de guttapercha en de wortelkanaalwanden, waardoor bacteriën opnieuw het kanaal kunnen binnendringen en een infectie kunnen veroorzaken.

- Gebrek aan hechting: Guttapercha hecht zich niet chemisch aan de tandstructuur. Dit kan het moeilijker maken om een ​​goede afdichting te bereiken en lekkage van bacteriën en vloeistoffen te voorkomen.

- Moeilijk te verwijderen: Guttapercha kan lastig te verwijderen zijn als een wortelkanaalbehandeling herzien of herhaald moet worden.

Over het geheel genomen is guttapercha grotendeels vervangen door modernere endodontische materialen die een betere biocompatibiliteit, sterkte en afdichtingsvermogen bieden.