Desinfectie is een proces waarbij bijna alle pathogene micro-organismen, behalve bacteriële sporen, op levenloze voorwerpen en oppervlakken worden geëlimineerd. Desinfectie doodt niet noodzakelijkerwijs alle micro-organismen, vooral resistente bacteriesporen; het is minder grondig dan sterilisatie, die tot doel heeft alle soorten leven te vernietigen. Veel desinfectiemethoden zijn effectief tegen de meeste erkende ziekteverwekkers, maar falen tegen sommige micro-organismen zoals prionen.

Voorbeelden van desinfectie zijn kokend water, alcohol, UV-lampen en chemische middelen zoals bleekmiddel. In tegenstelling tot de volledige eliminatie van micro-organismen die wordt bereikt met sterilisatieprocessen, is desinfectie over het algemeen niet effectief tegen bacteriesporen.