De oorsprong van malaria is niet helemaal duidelijk, maar er wordt aangenomen dat de oorsprong ervan ligt in het ten zuiden van de Sahara gelegen deel van Afrika. Bewijs van malariaparasieten is gevonden in gefossiliseerde muggen die dateren uit het Mioceen, ongeveer 20 miljoen jaar geleden. Deze fossielen zijn ontdekt in de Dominicaanse Republiek en suggereren dat malaria al vóór de komst van de mens in Amerika aanwezig was. De exacte geografische oorsprong van malaria blijft echter onzeker.