De bruine kleur van de ontlasting wordt voornamelijk veroorzaakt door de aanwezigheid van een pigment dat stercobilin wordt genoemd. Stercobilin is een verbinding die wordt gevormd door de afbraak van hemoglobine, het zuurstofdragende eiwit in rode bloedcellen.

Nadat rode bloedcellen hun levensduur hebben voltooid, worden ze afgebroken door de lever en de milt. Het hemoglobine komt vrij uit de rode bloedcellen en wordt afgebroken tot bilirubine. Bilirubine wordt vervolgens naar de darmen getransporteerd, waar het door bacteriën wordt omgezet in stercobiline.

Stercobilin is verantwoordelijk voor de karakteristieke bruine kleur van de ontlasting. De hoeveelheid geproduceerde stercobilin kan variëren afhankelijk van factoren zoals het dieet en de hoeveelheid gal die door de lever wordt geproduceerd. Bepaalde voedingsmiddelen, zoals rood vlees en bieten, kunnen ook de kleur van de ontlasting beïnvloeden.

Naast stercobilin kan de ontlasting ook andere pigmenten bevatten die kunnen bijdragen aan de kleur, zoals urobiline en coproporfyrine. Deze pigmenten worden ook gevormd door de afbraak van hemoglobine.